履约保函作为一种常见的交易担保方式，通常用于建设工程、商品贸易等场景中。它承诺由银行或保险公司向受益人支付一定金额，以确保合同的履约。
然而，在实际操作中，当履约保函抵扣进度款的问题涉及到时，存在一些争议。进度款指根据施工进度或合作协议约定的一定比例支付给承包商或供应商的款项。履约保函抵扣进度款的操作意味着将保函金额直接抵扣于已支付给承包商或供应商的进度款中，从而减少对承包商或供应商的资金需求。
具体来说，如果贷款人在工程进展过程中提出要求，要求开发商向其提供履约保函，并将申请额度抵偿借款本息，则对于违约利率且不交纳伤害赔偿金的部分，银行可以依据法律法规缴回该笔非法取得的贷款(天津市企事业单位融资管理细则2011)且按照财政部1997年57号文件追收该单位2倍以上5倍以下的利息违约金。
此外，根据《招标投标法》的规定，履约保函是标书文件之一。在建设工程项目中，招标方往往会要求承包商提交履约保函，并将其金额计入进度款中。这就意味着，承包商在获得进度款时，本质上已经收到了履约保函的价值。因此，如果再将履约保函抵扣于进度款中，实际上就存在重复计算的问题。
然而，在实际操作中，部分银行或招标方会主张将履约保函抵扣进度款。他们认为，履约保函充实了企业的资产负债表，可以作为企业的信用证明。在资金流向上，他们主张将履约保函视为一种贷款方式，其金额应当与进度款直接相抵。从这个角度来看，履约保函可以被抵扣于进度款。
综上所述，履约保函是否可以抵扣进度款存在争议。各方在具体交易中应合理解读合同条款，并遵守相关法律法规。同时，建议在签订合同前，双方应明确约定履约保函的使用方式，以避免后续的纠纷。
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