在工程建设领域，履约保函和工程保险是保障项目顺利进行的重要手段。履约保函可以保障承包人在合同约定的期限内完成工程，工程保险则可以转移工程建设过程中可能出现的风险。为了有效控制工程造价，招标文件通常会规定，允许承包人在工程进度款中扣除一定比例的履约保函和工程保险费。
在我国，关于扣除履约保函和工程保险费的规定主要散见于以下法律法规和规范性文件中：
《中华人民共和国招标投标法》第二十一条规定，招标文件应当明确投标文件的组成、编制要求以及应当包含的费用项目等。
《中华人民共和国合同法》第二百零六条规定，当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。
《建设工程工程量清单计价规范》（GB 50500-2013）规定，工程量清单计价应包括完成规定计量单位项目所需的全部费用，其中包括措施项目费、其他项目费和规费、税金。履约保证金和工程保险费属于其他项目费。
《建筑安装工程费用项目组成》（建标[2013]44号）明确规定，其他项目费包括暂列金额、专业工程暂估价、计日工、总承包服务费、风险费用以及其他必要的费用。履约保证金和工程保险费属于风险费用。
扣除履约保函和工程保险费应遵循以下原则：
合法性原则： 扣除比例和方式必须符合相关法律法规和规范性文件的要求，不得随意提高扣除比例或改变扣除方式。
合理性原则： 扣除比例应根据项目的具体情况，如合同金额、工期长短、风险大小等因素综合确定，既要确保工程质量和进度，又要维护承包人的合法权益。
公平性原则： 扣除比例应在招标文件中明确规定，对所有投标人一视同仁，不得对个别投标人给予特殊优惠。
可操作性原则： 扣除方式应简便易行，便于操作和管理。
扣除履约保函和工程保险费的具体操作流程如下：
招标文件明确规定： 招标人在编制招标文件时，应明确规定履约保函和工程保险费的扣除比例、扣除时间和扣除方式等内容。
投标人报价： 投标人在编制投标文件时，应根据招标文件的要求，将履约保函和工程保险费计入工程总造价。
承包人提交保函和保险单： 承包人在签订合同后，应按规定提交履约保函和工程保险单，并向发包人提供相关证明材料。
发包人审核扣除： 发包人在收到承包人提交的保函和保险单后，应及时进行审核，并在支付工程进度款时，按照约定的比例和方式扣除履约保函和工程保险费。
退还或抵扣： 工程竣工验收合格后，发包人应将扣除的履约保函和工程保险费用退还给承包人。如果承包人在施工过程中出现违约行为，发包人有权从履约保函中扣除相应款项。
在实际操作中，需要注意以下事项：
严格执行合同约定： 发包人和承包人应严格执行合同关于履约保函和工程保险费扣除的约定，不得擅自变更协议内容。
加强沟通协调： 发包人和承包人应加强沟通协调，及时解决扣除过程中出现的问题，避免产生纠纷。
规范操作流程： 发包人和承包人应规范操作流程，妥善保管相关资料，确保扣除工作顺利进行。
扣除履约保函和工程保险费是工程建设领域的一项重要制度，也是控制工程造价、保障工程顺利进行的重要手段。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规和规范性文件的要求，合理确定扣除比例，规范操作流程，以确保扣除工作合法、合规、有效。
