工程预付款保函是建设单位向承包单位发放工程预付款时，为保证预付款的使用安全而向银行申请开立的担保方式。对于工程预付款保函的费用，根据《建设工程合同（示范文本）》2019年的规定，由建设单位承担。
《建设工程合同（示范文本）》2019年第21条第2款规定：“发包人收取履约保函费、保证金、预付款保函费等有关担保费用时，应通过资金监管银行办理资金划付手续。收取后，应存入专门的监管账户内。发包人通过资金监管银行划付担保费用后，担保费用应从履约保函费、保证金或者预付款中扣取。”
该条文明确规定，工程预付款保函费由建设单位承担，并应通过资金监管银行办理资金划付手续。承包单位不得以任何理由向建设单位转嫁工程预付款保函费用。
在使用工程预付款保函时，建设单位应注意以下事项：
选择信誉良好的担保机构：选择具备相应资质、信誉良好且服务质量高的担保机构，以确保保函的安全性。 明确保函条款：仔细审查预付款保函的条款内容，确保保函的金额、有效期、索赔条件等与合同规定一致，避免因保函条款不符而造成损失。 及时索赔：如果承包单位未按照合同履约，建设单位应及时向担保机构提出索赔，并提供充分的索赔证据。超时索赔或证据不足会影响索赔的成功率。 配合担保机构调查：在担保机构进行保函调查时，建设单位应积极配合，提供必要的材料和信息。配合调查有利于担保机构及时、准确地判断索赔请求的合理性。 妥善保管保函：预付款保函是重要的法律文件，建设单位应妥善保管，防止遗失或损坏。保函遗失或损坏会影响索赔的进行。虽然工程预付款保函能够保证建设单位预付款的安全，但在使用中也存在一定风险：
承包单位垫资：在某些情况下，承包单位可能会要求建设单位承担预付款保函费用，这会增加承包单位的成本负担。 保函失效：如果建设单位未按照保函条款使用预付款，或者保函有重大瑕疵，则可能会导致保函失效，丧失担保作用。 担保机构倒闭：如果担保机构倒闭或被吊销资质，保函将失去效力，建设单位可能难以追偿损失。 诉讼风险：如果建设单位与担保机构或承包单位因预付款保函发生纠纷，可能会导致诉讼。诉讼的成本和时间代价都较高。为了有效控制使用工程预付款保函的风险，建设单位应充分了解保函的性质、使用规则和风险点，并采取适当的措施加以防范。
在某些特殊情况下，建设单位可以免除工程预付款保函费用：
承包单位资信良好：如果承包单位的资信良好，具备足够的财务实力和履约能力，建设单位可以考虑免除预付款保函费用。 工程规模较小：如果工程规模较小，预付款金额不高，建设单位可以考虑免除预付款保函费用，以减轻承包单位的费用负担。 合同规定免除：如果建设单位与承包单位在合同中约定免除预付款保函费用，则建设单位无需承担预付款保函的费用。建设单位在考虑免除预付款保函费用时，应充分评估承包单位的履约能力和工程的风险程度，避免因免除预付款保函费用而造成损失。
