工程预付款保函是指建设工程投标人或承包人因为需要获得项目合同、履约保证等原因，在工程项目开工前为建设工程对方支付货款的一种担保方式。预付款保函的计费一般根据以下几个方面来确定。
首先，预付款保函的计费与工程项目的金额有关。通常情况下，工程项目的金额越大，预付款保函的费用也会相应增加。这是因为工程项目金额较大，风险更高，保函的风险也会相应增加，因此费用也会随之增加。
其次，预付款保函的计费与保函期限有关。一般来说，保函的期限越长，计费也会相应增加。这是因为保函的期限越长，银行承担的风险也会增加，因此费用也会随之增加。
再次，预付款保函的计费还与保函金额的比例有关。保函金额的比例指的是预付款金额占整个合同金额的比例。一般来说，保函金额的比例越高，计费也会相应增加。这是因为保函金额的比例越高，保函的风险也会相应增加，因此费用也会随之增加。
最后，预付款保函的计费还与建设工程的特殊要求有关。如果建设工程的特殊要求较多，预付款保函的费用也会相应增加。这是因为建设工程的特殊要求较多，对保函的风险管理和控制也会相应增加，因此费用也会随之增加。
综上所述，工程预付款保函的计费主要与工程项目的金额、保函期限、保函金额的比例以及建设工程的特殊要求有关。在选择预付款保函时，建设单位应根据具体情况来确定计费标准，以便满足工程项目的需求，并最大限度地减少费用支出。
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