在工程建设项目中，预付款扣除期限的把握对于承发包双方尤为重要。如果发包方未在保函有效期内扣除预付款，不仅会影响承包方的资金流转，还可能引发一系列后续纠纷。
根据《政府采购工程建设项目施工合同示范文本（2017版）》（以下简称《示范文本》）第23.4条规定："工程竣工验收后，发包单位应当自工程竣工验收合格之日起30个自然日内将剩余预付款全额退还承包单位。"《关于规范预付款管理的通知》（财建〔2003〕218号）也明确规定："发包单位应当在规定的期限内将预付款退还承包单位，最迟不超过工程竣工验收合格之日起30个自然日。"上述规定表明，发包方扣除预付款的期限应当在保函有效期之内。
保函有效期是指保函出具机构承担保函责任的期限，通常在保函文本中明确约定。一般情况下，保函有效期从保函出具之日起计算，至保函规定的截止日期止。
预付款扣除期限应当从工程竣工验收合格之日起计算。根据《示范文本》第23.3条规定，对于政府采购工程建设项目，工程竣工验收合格是指竣工验收合格报告经发包方审查同意后形成的竣工验收文件。对于非政府采购工程建设项目，工程竣工验收合格的定义可参照《示范文本》相关规定或相关行业标准。
预付款扣除期限为30个自然日。自然日是指公历中的每一天，包括法定节假日和休息日。如果预付款扣除期限届满日为法定节假日或休息日，则顺延至下一工作日。
例如，某工程竣工验收合格日期为2023年12月25日，则预付款扣除期限为30个自然日，截止日期为2024年1月24日。
如果发包方未在保函有效期内扣除预付款，将产生以下后果：
构成违约。发包方未按约定的期限扣除预付款，属于违反合同的行为，承包方有权要求其承担违约责任。 影响承包方的资金流转。预付款对于承包方而言至关重要，未能在保函有效期内扣除会影响其正常的资金周转，甚至导致资金链断裂。 可能引发后续纠纷。预付款未及时扣除，容易引发承包方与发包方之间的纠纷，严重时甚至会引发诉讼。为避免预付款未在保函有效期内扣除的情况，发包方应做到以下几点：
提前了解保函有效期。发包方在签署保函协议时，应仔细了解保函的有效期，并根据保函有效期确定预付款扣除的截止日期。 及时进行工程竣工验收。发包方应尽快组织工程竣工验收，并在竣工验收合格后30个自然日内扣除预付款。 注意法定节假日和休息日。预付款扣除期限的计算应考虑法定节假日和休息日的影响，避免在节假日或休息日期间出现逾期扣除的情况。 加强沟通协调。发包方应与承包方保持良好的沟通协调，及时了解工程进度，并提前通知承包方预付款扣除的具体日期。预付款扣除期限的把握对于工程建设项目双方至关重要。发包方应当严格按照保函有效期和相关合同规定及时扣除预付款，避免因未在保函有效期内扣除预付款而产生的违约责任和纠纷。同时，承包方也要积极配合发包方，提供必要的竣工验收资料，共同保障工程建设项目的顺利完工。
