工程保函是承包商在施工合同中向业主提供的担保文件，保证实施工程按合同要求和质量标准完成。在工程项目中，工程保函费用是一个需要明确的问题。一般情况下，工程保函费用由工程承包商承担，但具体的支付方式则需要根据双方的协商确定。
在工程施工项目中，工程保函费用通常是工程承包商作为项目成本的一部分来承担的。承包商通常会在项目报价中考虑到保函费用，并在合同中明确列明。这样一方面可以确保承包商在提供保函时有足够的经济基础，另一方面也可以减少业主在项目实施过程中的风险。
工程保函费用的支付方式通常有两种。一种是分期支付，即按照工程进度的完成情况，将保函费用分阶段支付给承包商。这种支付方式可以确保承包商能够及时得到保函费用，同时也可以减轻业主的经济压力。另一种是一次性支付，即在合同签订时或工程进展到一定阶段时，一次性地支付保函费用给承包商。这种支付方式可以简化支付过程，但可能对业主的经济负担会较大。
在具体操作中，根据合同约定和实际情况，工程保函费用的支付方式可能会有所调整。双方可以根据项目特点、合同金额、资金状况等因素进行协商，确定适合双方利益的支付方式。此外，还可以通过招投标过程中的控制措施，对工程保函费用进行预估和把控，以确保项目的经济可行性和风险控制。
工程保函费用的承担责任应由工程承包商负责。因为工程保函是为了保证工程施工按照合同要求进行，确保工程质量和进度，所以其费用应由承包商来承担。如果将费用转嫁给业主，可能会导致业主难以接受，增加了业主的经济负担，也不利于工程项目的顺利进行。
综上所述，工程保函费用由工程承包商承担是常见且合理的做法。具体的支付方式可以根据双方的协商确定，以确保项目的顺利进行和风险的控制。在实际操作中，需要根据合同约定和实际情况进行具体操作，并通过有效的招投标措施对工程保函费用进行预估和把控，以保证项目的经济可行性和风险控制。
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