金融机构保函和银行保函是在商业活动中常被使用的担保方式。虽然它们都属于保函，但在一些方面存在一些区别。
1. 发行主体
金融机构保函是由具备全部或部分金融业务经营权的机构发行，如信托公司、保险公司等。而银行保函则是由银行发行。
2. 发行对象
金融机构保函适用于各类企业及个人，提供相应的经济担保服务。而银行保函，则特指由银行为客户提供的担保。
3. 授信条件
金融机构保函的授信条件比较灵活，通常会根据客户的具体需求和情况来制定担保方案。而银行保函的授信条件相对较为严格，需要客户具备一定的信用等级和还款能力。
4. 发行规模
金融机构保函通常具有一定的灵活性，可根据实际需求发行较小额度的保函。而银行保函则由银行作为银行业务的一部分提供，金额通常较大。
5. 手续费用
金融机构保函的手续费用相对较高，主要是因为发行主体与客户之间存在层层利益链。而银行保函的手续费用相对较低。
6. 市场竞争度
金融机构保函市场竞争度较高，有很多金融机构都能够提供类似的产品和服务。而银行保函则相对较少，主要由银行独家提供。
7. 国家监管
金融机构保函受到相关金融监管机构的监管和管理。而银行保函则除了受到金融监管机构的监管外，还受到国家银行监管机构的监管。
综上所述，金融机构保函和银行保函在发行主体、发行对象、授信条件、发行规模、手续费用、市场竞争度以及国家监管等方面存在一定的区别。在实际使用时，应根据自身需求和具体情况选择合适的担保方式。
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