履约保函是指承诺在合同中履行某项义务的一方所提供的书面担保函。它主要用于确保履约方能够按照合同约定完成其商业交易或履行其他法律义务。然而，如果一方违反了合同条款，导致履约保函被扣除，则会产生一系列严重的后果。
首先，最明显的后果是违约方将失去可信度和声誉。在商业交易中，信任是建立长期合作关系的基础。当履约保函被扣除时，这意味着违约方无法按照合同兑现其责任。其他商业伙伴可能对其持怀疑态度，并开始怀疑其它合同是否能够得到全面履行。因此，违约方可能失去不仅仅是当前合同的机会，还有未来的商业机会。
其次，扣除履约保函也给违约方带来了经济损失。履约保函通常是银行或保险公司提供的，因此，在签发该保函时就要支付一定的手续费。如果履约保函被扣除，这些费用就相当于白白损失了。此外，在商业交易中，履约保函通常作为解决争议的一种方式。如果违约方无法提供保函，那么在纠纷解决过程中，他们可能需要支付更高的赔偿金额，同时面临着诉讼的风险和法律费用。
最重要的是，扣除履约保函还会破坏合同的完整性。合同是商业交易的基石，旨在确保各方的权益得以平衡和保护。但是，一旦违反合同条款，尤其是履约保函被扣除，合同的有效性将受到影响。其他各方可能会主张合同无效，并寻求其他方式来实现自己的权益。这可能导致进一步的纠纷，耗费时间、金钱和精力。
综上所述，履约保函扣除后果严重。除了失去信任和声誉，违约方还将面临经济损失和法律风险。最重要的是，合同的完整性可能受到威胁，从而导致进一步的纠纷。因此，在商业交易中，各方应当谨慎行事，遵守合同条款，确保履约保函能够发挥其所承担的作用。
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